Структура управления:

Руководящий состав

Отдел летных стандартов (ОЛС)

Отдел инспекции по безопасности полетов (ОИБП)

Отдел поддержания летной годности гражданских воздушных судов (ОПЛГГВС)

Отдел аэродромов и аэропортов (ОАДиАП)

Отдел воздушных перевозок (ОВП)

Отдел транспортной безопасности (ОТБ)

Отдел организации авиационно-космического поиска и спасания (ООАКПС)

Отдел сертификации эксплуатантов и диспетчерского обеспечения (ОСЭиДО)

Отдел организации использования воздушного пространства (ООИВП)

Отдел радиотехнического обеспечения полетов и авиационной электросвязи (ОРТОПиАС)

Отдел по защите государственной тайны (ОЗГТ)

Отдел государственной службы и кадров (ОГСиК)

Отдел финансового обеспечения, бюджетного планирования и отчетности(ОФОБПиО)

Отдел экономики, имущественных отношений и правового обеспечения (ОЭИОиПО)

Отдел административно-хозяйственного обеспечения (ОАХО)

Отдел Южного МТУ Росавиации в республике Крым

Территориальная квалификационная комиссия

О контрактной системе в сфере закупок товаров, работ, услуг

Текущая деятельность ОИБП:

Архив материалов расследований инцидентов и производственных происшествий.

25 июня 2015 года в актовом зале СК УТЦ проведено  совещание с эксплуатантами АР и индивидуальными владельцами ВС АОН, старшими авиационными начальниками посадочных площадок, руководителями авиационных учебных центров (занимающихся подготовкой частных пилотов),  находящихся на территории деятельности Южного МТУ Росавиации. В совещании приняли участие начальник отдела УИБП Росавиации В.Н. Аристов, начальник УГАН НОТБ в ЮФО А.П. Башлаев, заместители начальника управления и начальники отделов Южного МТУ Росавиации.

(подробности в Протоколе совещания)