Структура управления:
Отдел инспекции по безопасности полетов (ОИБП)
Отдел поддержания летной годности гражданских воздушных судов (ОПЛГГВС)
Отдел аэродромов и аэропортов (ОАДиАП)
Отдел воздушных перевозок (ОВП)
Отдел транспортной безопасности (ОТБ)
Отдел организации авиационно-космического поиска и спасания (ООАКПС)
Отдел сертификации эксплуатантов и диспетчерского обеспечения (ОСЭиДО)
Отдел организации использования воздушного пространства (ООИВП)
Отдел радиотехнического обеспечения полетов и авиационной электросвязи (ОРТОПиАС)
Отдел по защите государственной тайны (ОЗГТ)
Отдел государственной службы и кадров (ОГСиК)
Отдел финансового обеспечения, бюджетного планирования и отчетности(ОФОБПиО)
Отдел экономики, имущественных отношений и правового обеспечения (ОЭИОиПО)